La Universidad del Tolima junto con la Facultad de Ingeniería Agronómica fue creada mediante la Ordenanza de la Asamblea del Tolima No.5 del 21 de mayo de 1945 "Por el cual se crea la Universidad del Tolima y el Fondo Acumulativo de la misma".
Para lograr facilitar la organización y funcionamiento de la Universidad del Tolima, se hizo necesaria realizar una reforma a la Ordenanza de la Asamblea del Tolima No.5 del 21 de mayo de 1945, la cual se realizó mediante el Decreto del Gobernador del Tolima No.1916 de octubre 25 de 1954, "Por el cual se reforma la Ordenanza No.5 de 1945". Luego ya oficialmente la Universidad del Tolima inició labores en el año de 1955 bajo licencia de funcionamiento expedida por el Ministerio Nacional mediante la según Resolución No.586. En atención a lo dispuesto en el Decreto Legislativo No.0277 de 1958 la Universidad es una persona Jurídico Autónoma.
El Comité Administrativo del Fondo Universitario Nacional la aprobó, mediante el Acuerdo No.23 del 28 de octubre de 1959 y la Asociación Colombiana de Universidades mediante Acuerdo No.46 de 1962. El Ministerio de Educación Nacional por Resolución No.5944 de diciembre 20 de 1962, aprobó en forma definitiva todos los cursos de la Facultad de Ingeniería Agronómica.
Durante los dos primeros años la Facultad de Ingeniería Agronómica funcionó en instalaciones de la Escuela Agronómica San Jorge de propiedad de la Comunidad Salesiana, donde se ubicaron laboratorios adquiridos por la Universidad; las prácticas de campo se realizaban en terrenos y cultivos de la mencionada Comunidad.
En 1957 la Facultad de Ingeniería Agronómica fue trasladada al centro de la ciudad y allí funcionó en locales alquilados hasta 1962. En esta fecha pasó a ocupar terrenos y locales propios en el Barrio Santa Elena de Ibagué, lugar donde hoy día funciona junto con las nuevas dependencias de la Universidad.
Hasta el año 1960 los estudiantes cursaban los tres primeros años de la carrera en la Facultad de Ingeniería Agronómica de la Universidad del Tolima y por convenio con la Universidad Nacional, Seccional Palmira, realizaban allí los dos últimos años. Fue en estas condiciones como salió la primera promoción de Ingenieros Agrónomos conformada por 17 estudiantes.
A partir del año 1963 la Facultad inicia el sistema de semestralización funcionando simultáneamente los 10 semestres que correspondían a la carrera de Ingeniería Agronómica.
El crecimiento de la población estudiantil fue notorio y en el período 1956-1964 se matricularon un total de 860 estudiantes de los cuales egresaron, 61 estudiantes de 1962 a 1964.
Como efecto de la semestralización de la Universidad y la posterior creación del Instituto de Ciencias y Artes Básicas, organismo que tuvo a su cargo el desarrollo de los semestres de estudios generales, la población estudiantil de la Facultad mostró un alto número de 1965 a1971 alcanzando un total de 343 y sus egresados en el mismo período fue de 332 estudiantes.
Hasta julio de 1969 se trabajó en la Facultad de Ingeniería Agronómica el plan tradicional de estudios que regía normalmente, el cual llevaba por lo menos 50 años con breves modificaciones.
El Acuerdo No.009 de febrero 2 de 1968 del Consejo Directivo de la Universidad del Tolima, estableció una estructura académica basada en ciclos de estudios: generales y profesionales con posibilidades de dividir este último ciclo hacia áreas más específicas.
Para realizar lo anterior, se basaron en otros casos por:
La II Conferencia Latinoamericana de Educación Agrícola Superior reunida en Medellín en 1962.
La III Conferencia Latinoamericana de Educación Agrícola Superior reunida en Piracicaba en 1966.
La experiencia mexicana, iniciada en Chapingo desde 1957.
Con posterioridad al Acuerdo No.009 citado anteriormente, se siguió creando conciencia hacia la adopción de una estructura académica diversificada la cual logró estructurarse en la década de los setenta, quedando conformada así:
Ciclo de estudio generales a cargo del Instituto de Ciencias y Artes Básicas de la Universidad del Tolima, comprendía I y II semestres, tenían como objeto centrar las bases generales para los siguientes semestres, a este nivel los estudiantes podían hacer transferencias universitarias.
Ciclo de estudios profesionales de tipo general a cargo de la Facultad de Ingeniería Agronómica comprendida los semestres III, IV, y V de la carrera. Agrupaba todas las asignaturas para tener visión de conjunto de la producción de alimentos y materias primas en el campo IV y V semestre se realizaban en la Granja de Armero.
