El área de formación básica, la cual está orientada a un nivel común de desarrollo de capacidades humanas en aspectos relacionados con la ciencia y sus avances. En esta área se presentan teorías, conceptos y métodos que proveen al estudiante de fundamentos para abordar con propiedad retos en la ciencia y la tecnología agroindustrial.

El área de formación en investigación, la cual comprende aquellos módulos que dan fundamentación epistemológica, de diseño investigativo cualitativo o cuantitativo y de formulación de proyecto, y permiten desarrollar las competencias del estudiante para generar o aplicar conocimiento en las sublíneas de investigación planteadas para el programa.

El área disciplinar, que comprende los conocimientos que habilitan al maestrando para desenvolverse con destreza en un tema específico relacionado con la ciencia y la tecnología agroindustrial.

- Para la modalidad en investigación, se refiere al área de formación disciplinar, la cual comprende aquellos cursos que desarrollan las categorías disciplinares del programa.

- Para la modalidad en profundización, se refiere al área de profundización, la cual comprende aquellos cursos referidos a la estructura de las disciplinas que dan fundamento al desempeño en el marco del campo de formación.

Los cursos optativos desarrollan su actividad académica desde el núcleo de formación disciplinar, con la particularidad que se proponen como una oferta complementaria de cursos para que el estudiante profundice en una de las líneas de investigación del Programa.

Las optativas se ofertan en un listado específico aprobado por el Consejo de Facultad, previa recomendación y aprobación del Comité Curricular de la Maestría, y pueden ser tomadas con otras universidades con las cuales existan los convenios pertinentes.